El interior de la Real Colegiata de San Isidoro podría saber a poco si no fuera por su museo y por el Panteón Real. Cuando trajeron los restos de San Isidoro y se decidió consagrar la iglesia, Doña Urraca encargó un cáliz como regalo para la curia. El cáliz es una de las piezas más destacadas del museo aunque la anécdota la encontramos en el arca labrada en plata de las reliquias del santo. En uno de los laterales aparece la representación de Adán y Eva con la curiosidad de que tienen ombligo, como suelen representarlos de manera equivocada. La guía del Panteón Real, es obligatoria la visita guiada, cuenta la historia del lugar dictando la lección a los visitantes: la capilla fue mandada construir por Fernando I y es la prolongación hacia occidente de la iglesia. En el panteón, que nunca ha sido restaurado, están enterrados hasta 33 reyes y reinas del viejo reino de León. Tras el expolio sufrido en 1808, por parte de los soldados de Napoleón, hubo que recurrir a los códigos genéticos para devolver los huesos a sus tumbas.

Las pinturas de la capilla, como las vidrieras de la Catedral de Santa María, son la representación de la vida de Cristo y una de esas licencias que se otorga la cuestión turística nos dice que estamos ante la Capilla Sixtina del arte románico. Destaca la pintura del Pantocrator, Cristo en Majestad sujetando un libro con la inscripción Ego sum lux mundi, rodeado por el Tetramorfos o cuatro Evangelistas: Mateo el hombre, Juan el águila, Marcos el león y Lucas el toro.

Si bien la del Pantocrator es la más espectacular, la más conocida de las pinturas del panteón es el Calendario Agrícola, una detallada representación del ciclo del campo que se encuentra en el intradós de uno de los arcos.

Otras de las pinturas destacadas son la Santa Cena, la Anunciación a los pastores y la degollación de los inocentes. Entre los capiteles, de motivos vegetales y con figuras zoomórficas e historiados, llaman la atención el de la curación del leproso y el de la resurrección de Lázaro. Las Cortes de León están consideradas como la cuna de la democracia en España, fueron celebradas en el año 1188 en el interior de San Isidoro. El viejo Reino de León cumplió en el año 2010 los 1100 años de su creación.